L’ADN environnemental et la conchyliculture
Compte-rendu de conférence
L’ADN environnemental et la conchyliculture : recherche d’espèces marines non indigènes dans les Pertuis Charentais
Animée par Jean-François Pépin
Laboratoire Environnement Ressources des Pertuis Charentais, Ifremer La Tremblade
Contact : jfpepin@ifremer.fr
Photo: ©JFP Ifremer
Mercredi 2 octobre 2024
17h
2016ème séance
Présidence Martine Gachignard – 36 participants
Les Pertuis Charentais constituent un site majeur pour la conchyliculture française. Le bon état écologique des écosystèmes littoraux est un enjeu essentiel. Une meilleure caractérisation de l’environnement biotique est à présent réalisable par l’utilisation de l’ADN environnemental pour la surveillance de la biodiversité et la détection d’espèces marines non-indigènes ou exotiques qui menacent entre autres la conchyliculture.
L’exposé présente : une contextualisation de la conchyliculture et de ses enjeux dans les Pertuis Charentais sur les quinze dernières années, des rappels et définitions sur des notions de biologie moléculaire en lien avec l’ADN, les gènes marqueurs, le microbiome et l’ADN environnemental (ADNe). Sont évoquées quelques méthodes d’études de l’ADNe, selon des approches ciblées (PCR) ou non ciblées (métabarcoding), approches permettant d’illustrer la révolution technologique et les progrès fantastiques réalisés ces 30 dernières années dans les capacités d’amplification et de séquençage haut débit de l’ADN. Ces capacités d’analyse accrues rendent à présent possibles et accessibles la description des espèces présentes dans un environnement sur des bases génétiques, y compris en milieu marin (eau, sédiment).
En lien avec la conchyliculture, trois exemples d’études réalisées ces dix dernières années à l’Ifremer de la Tremblade sont évoquées pour mettre en lumière le potentiel des approches associées à l’ADNe : i) la détection de bactéries potentiellement pathogènes associées aux épisodes de mortalité massive des moules dans les Pertuis (projet MORBLEU), ii) la mise en évidence dans les Pertuis d’une algue au potentiel toxique à partir de son ADN (réseau ROME), iii) la recherche récente d’espèces marines non-indigènes dans les Pertuis Charentais (projet RAPSODI).
Communiqué du conférencier
Nos remerciements les plus chaleureux à JF Pépin pour une conférence très appréciée des participants, une découverte pour les non-initiés et, pour les spécialistes chercheurs ou enseignants, une meilleure connaissance des nouvelles recherches, menées sur le littoral charentais.